از لحاظ آب وهوائي به دو منطقه تقسيم مي شود
الف: منطقه شمال وشرق :
ناحيه اي( دهستان قمبوان و بخشهايي از دهستان موسي‌آباد ) است نيمه خشك ميزان بارندگي آن نسبت به قسمت غربي كمتر وداراي دشتي نسبتاً وسيع ومناسب براي فعاليت كشاورزي ودامداري است كه قسمت اعظم آب مورد نياز كشاورزي آنها از چاهها و قنوات تأمين مي‌شود.
ب :بخشهاي مركزي، جنوبي و غربي:
( شهر دهاقان، دهستان همگين و جنوب و غرب دهستان موسي‌آباد ) داراي اقليم نيمه خشك و از بارندگي بيشتري نسبت به ساير مناطق برخوردار بوده و علاوه بر قنوات، چشمه‌سارها نيز از منابع اصلي تأمين كننده آب كشاورزي مي‌باشند.
ميزان بارندگي سالانه در نوسان است. آب وهواي اين شهرستان با توجه باينكه از طرف جنوب به منطقه سردسيرسميرم و از غرب به منطقه چهار محال وبختياري و از شمال به مناطق گرم وخشك كويري محدود مي شود. ويژگي خاصي دارد درجه حرارت در منطقه بين15 تا 29 درجه متغير است.